El Servicio de Regadíos realiza, desde el año 1998 a través de su programa Recarex, unos controles de las aguas de riego y subterráneas con los objetivos de:
1.- Evaluar la calidad de las aguas de riego a la entrada de las Zonas Regables para detectar el contenido inicial en nitratos y el nivel de sales que se incorpora a los suelos regados.
2.- Evaluar la calidad de las aguas de riego a la salida de las Zonas Regables localizados en los tramos finales de los desagües para determinar los niveles de nitratos y sales aportados por el regadío.
3.- Evaluar la calidad de las aguas en los acuíferos que sustentan los regadíos de iniciativa privada existentes en la Comunidad, fundamentalmente en su grado de contaminación por nitratos.
4.- Obtener los niveles piezométricos en los pozos situados en las Zonas Regables.
La red de control está constituida por 258 puntos en las Zonas Regables, 1 punto en Navalmoral, 3 en la zona Zafra-Olivenza y 17 puntos en el acuífero de Barros.
PUNTOS DE CONTROL POR ZONA REGABLE Y TIPO

La frecuencia de toma de muestras para sus posteriores análisis es de una mensual. Las determinaciones que se realizan son las de CE a 25 ºC como indicador del nivel de salinidad del agua, RAS como determinante junto con la CE del riesgo de alcalización y el contenido en nitratos. En la campaña de riegos y con frecuencia anual se realiza un análisis completo.
Los análisis de las muestras se realizan conjuntamente en el Laboratorio Agroalimentario de Extremadura dependiente de la Conserjería de Agricultura, Desarrollo Rural, Medio Ambiente y Energía y en campo con determinaciones de la conductividad y de contenido en nitratos por espectrometría realizada con medidor portátil.