Existen tres registros en los que deben inscribirse todos aquéllos interesados en realizar alguna de las actividades de producción ecológica y hacer uso de dicha denominación:

a) Registro de operadores titulares de fincas agropecuarias ecológicas.: es el registro que sustituye al anterior “CEPAE”. En el se engloban todas las parcelas agrícolas, ganadería, apicultura y acuicultura ecológicas.

b) Registro de elaboradores y comercializadores de producción ecológica: es el registro que sustituye al anterior “CRAEX”. En él se engloban las industrias, comercializadores y demás actividades de elaboración y comercialización ecológicas.

c) Registro de importadores de terceros países. Es un registro dónde deben inscribirse las personas físicas o jurídicas que deseen importar de terceros países (países reconocidos por la Comisión que cumplen principios y normas de producción equivalentes a los de la producción ecológica en Europa).