Las prácticas de la agricultura ecológica están subvencionadas a través de los programas de ayudas agroambientales según Decreto 9/2009 de 23 de enero (DOE de 30 de enero), por el que se regula el régimen de ayudas agroambientales para la utilización sostenible de las tierras agrícolas en la Comunidad Autónoma de Extremadura.
Dichas ayudas se tramitan en el Servicio de Ayudas Complementarias de la Dirección General de la Política Agraria Comunitaria.
También se subvencionan, pretendiendo potenciar el asociacionismo entre agricultores ecológicos, las APAES, agrupaciones de productores ecológicos, que estén reconocidas mediante Resolución de la Dirección General de Agricultura y Ganadería. Estas ayudas se tramitan en el Servicio de Producción Agraria de esta Dirección General.
Con la publicación de los Decretos 91/2009, de 24 de abril, por el que se establecen las bases reguladoras de las ayudas a producción ecolóogica de calidad diferenciada, y el Decreto 90/2009, de 24 de abril, por el que se establecen y regulan ayudas para el fomento de la mejora de la estructura de la producción ecológica, se abren dos nuevas líneas de ayudas que pretenden potenciar este modelo productivo.